Пропажа президента в Jagged Alliance 3 начинает переломный момент в истории Гранд Чиен. Многие совершали попытки завладеть землями, поскольку в них находиться огромное количество ценных, природных ресурсов. Но ранее дерзкие выходки были неудачными. Сейчас, когда исчезла главнейшая персона, сразу появился в центре внимания "Легион", военизированная группировка, что взялась диктовать свою политику и пытаться установить собственные порядки. Семья похищенного предпринимает шаги прекратить самовольный захват, но они слабы для этого и вынуждены обратиться к могущественной корпорации. После обсуждений и определенного договора "Адонис" соглашается на сделку, нанимают опытных специалистов и ставят перед ними задание – отыскать пленника и остановить беспорядки.

Игрокам в Jagged Alliance 3 предлагается самостоятельно подобрать кадры для группы, ведь из кандидатов каждый имеет причины для такой работы, требования и причуды. Управляя ими, предстоит исследовать карту, искать информацию, проводить скрытные и агрессивные операции, брать новых бойцов по необходимости и двигаться к успеху. В конечном итоге судьба страны зависит от этого отряда.